自主發展微衛星計畫將自主研發低成本、模組化的微衛星系統，任務選擇則以環境觀測、災害防救為主軸，並考量以臺灣自製載具發射，但亦適用於其他附載方式發射。自主發展微衛星計畫含實驗型微衛星發展與任務型微衛星發展2項子計畫；其主要目標說明如下：

1. 實驗微衛星

實驗型微衛星發展之目的在培植學術單位，強化學校對微型衛星次系統之分析、設計與系統整合測試的能力，衛星任務則以學術界太空科學研究為主。2008年公開遴選出國立成功大學CKUTEX微衛星團隊執行此計畫，進行設計與製作(30公斤級)微衛星工程體與飛行體。

實驗微衛星原規畫以自主發展之小型發射載具試飛，驗證衛星進入軌道的精確度並確認衛星通聯，執行預定的實驗。但2010年中因政策調整，自主發展微衛星計畫中止，CKUTEX微衛星發展至整合測試備便(ITR)階段以後的剩餘工作交由學校自行負責。

2. 任務型微衛星(計畫名稱為福爾摩沙衛星六號；簡稱福衛六號)

本計畫為研發微衛星先進技術及適用於臺灣產業製程的元件微小化科技。任務目標以研發執行災害防救實用任務為主，太空科學研究任務為輔的微衛星。原規劃發展三顆微衛星，第一枚與第二枚任務型微衛星主要目標是以打造國家太空中心傳承的微衛星本體，展現衛星自主研製的技術能力與驗證自主研發衛星元件的性能。

福衛六號第一枚任務型微衛星(50公斤級)由太空中心負責系統設計與系統整合，公開徵求學研團隊進行福衛六號衛星本體之發展，以搭載發展中的科學酬載儀器「垂直大氣耦合探測相機(E-VAC)」，執行福衛六號任務。此科學酬載儀器是一套以微型CMOS感測器為基礎的多色影像擷取系統，於2009年1月起由國立成功大學學研團隊進行發展。其作用是透過特定波長的影像觀測大氣電學、海洋水色、電離層物理、大氣暉光、閃電、高空短暫發光等現象。

由於太空中心重新評估計畫執行優先順位及各項資源依需求重新調整，自主發展微衛星計畫遂於2010年中止。